盡管優勢突出，FO技術的大規模商業化仍面臨嚴峻挑戰：

內濃差極化：

這是FO的“阿喀琉斯之踵”。發生在多孔支撐層內部，會顯著降低實際水通量，是工程設計和膜開發中需要攻克的核心難題。

汲取液的選擇與再生：

理想汲取液需具備：高溶解度（產生高滲透壓）、易于低能耗再生、無毒、成本低、反向溶質擴散少。

汲取液再生是系統主要能耗來源，如何低成本、高效地再生汲取液是FO技術商業化的核心瓶頸。

膜材料的專門化：

市場上專為FO設計優化的膜產品仍然較少，性能和成本有待進一步優化。

系統復雜性：

引入了汲取液循環和再生子系統，使得整個系統比單一的RO系統更為復雜。